杨学政书中详细描述了这一地区寺院制度上的特色。首先，这一地区尚未形成独立的活佛转世系统。除了永宁的扎美寺,大多寺院的活佛大都是从西藏、四川藏区寺院临时来充任的，经过短期的讲经说教后便又返回原宗寺。而有活佛转世的寺院,其制度虽是沿用西藏和四川藏传佛教有关寺院的活佛转一世制度,但他们的活佛是分属西藏、四川各教派的宗主寺活佛系统的,活佛转世、认定这方面从属于各自的宗主寺,活佛圆寂后需到西藏和四川的宗主寺打卦寻找转世灵童。不过云南藏传佛教寺院行政、经济及教务方面还是独立的，不属于西藏、四川各宗主寺的分寺。

       其次，在这一地区,与青藏高原过去曾经有过政教合一制度不同，这里的纳西族、普米族藏传佛教在一开始就基本上是纯宗教的事业，藏传佛教寺院和活佛有崇高社会地位，但并没有世俗权力。杨学政认为， 纳西族、摩梭人和普米族的寺院制度和僧侣组织因地区的不同而可分为两类，一类是以丽江为中心的纳西族的寺院制度和僧侣组织，另一类是以永宁为中心的摩梭人和普米族的寺院制度和僧侣组织。

       其中，丽江纳西族藏传佛教与当地政权组织是分流的。虽然明清之际因为木氏土司的支持，藏传佛教噶举派曾经在这里十兴盛，但土司制度结束较早，到近代社会事务已是由政府管理，寺院没有行政权，僧侣无特权，寺院经济较薄弱。这导致了丽江纳西族多数人不愿入寺为僧，出家往往是迫不得已，或因父母双亡，兄弟众多，或因患病许过愿，或因逃避兵役的穷家子弟等。出甚至当寺庙僧人按法王所指示的地址寻觅到活佛转世灵童后，常被其父母婉言拒绝，致使寺中活佛常空缺数代。《历史上丽江民间藏传佛教信仰之变迁》（杨福东著，《云南社会科学》2008年5期）就讲了文峰寺活佛灵童不愿入寺的故事：

       “第三世活佛在丽江坝子的堆坞村一个富裕农民家庭中找到。这个家庭历代都只有独子，到这一代才有了两个男孩，转世活佛的父母死活不叫儿子去寺中，说不管天上人间什么皇帝来找我们也不给(儿子)。文峰寺众僧无奈，只好作罢，但每到八月十五中秋节和春节，寺中都要派僧人去给活佛送礼，磕头请安。……直到解放后三年(即1952年)才圆寂，享年83岁。这个活佛圆寂后，文峰寺未能再寻找转世活佛。”

       不过，近年来随着丽江社会经济、文化与旅游业的兴盛，丽江的藏传佛教有很大发展，状况已有所不同了。

       丽江纳西族土司制度早已终结。但以永宁为中心的的摩梭人和普米族的土司制延续到较晚近时期。于是近代永宁摩梭人和普米族的藏传佛教与当地的土司制联系比较紧密。寺院的活佛地位尊贵，但通常并不主持寺务，寺院管理由堪布（法师）负责，而这个堪布通常是由土司的弟弟担当，而且是世袭的。由于堪布实行世袭制，不论是否有学经典和深研佛学知识，所以厉代永宁堪布的佛学水平都不高。此外，永宁堪布象俗人一样可纵娶妻，不受其它戒律约束，不穿僧服。用这种方式，寺院被土司控制，不能管理世俗政务，没有农奴，佛教活动要受当地土司的管理，因此这也与青藏高原藏传佛教政教合一状态是不同的。

       永宁藏传佛教还有一些有特色的地方。例如“拉擦”，是摩梭语“佛的替身”的意思。是永宁摩梭人和普米族藏传佛教寺院特有的僧职。拉擦的职责是由他个人负责供应全寺僧侣及各种法会的全部费用，包括僧侣的口粮、茶、盐、酥油、糌粑面、肉、钱及法会所用的布、香料、颜料等物资。另一方面寺院也会把一定的本金交给他，由他营利来供养寺院。因此拉擦负责发放钱粮等高利贷物资和收取寺院土地的粮租、钱租等。拉擦卸职后，寺院的本金必须移交给下届拉擦，而其利息则归本届拉擦所得。成为一名拉擦是十分荣耀的事情，但因为拉擦要支付很多钱财，只有富裕的僧人才有能力担任。拉擦任期一般为三年，个别资产富裕的能连任两届。卸职后的拉擦相当于名誉寺主，由寺内供养终生。由于出任一届拉擦需要支付相当多的钱粮物资，所以普通家庭的僧侣无力出任这一僧职，只有贵族家庭的僧侣轮流担任此职。

       丽江纳西族僧侣一生必须入藏朝拜大宝法王或四宝法王一次，否则不能成为正式的僧侣。凡进藏朝拜过大宝法王或四宝法王的僧侣便成为“格龙”(正式僧侣)，才有资格进入静坐堂继续深造。永宁藏传佛教僧侣也与之类似，进藏学习是很重要的过程。 他们因而对不同僧侣有不同称呼。例如“哈尔巴”，摩梭语，指僧侣进西藏本宗寺院学经达五年以上的。又如“格隆”，也是摩梭语，指进西藏本宗寺院一年左右返回的僧侣。而“格初”，就是终生未进过西藏本宗寺院学经的僧侣了。